YOU SAID:

I am very confused at why bees can fly

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なぜミツバチが飛ぶことができる、非常に混乱しています。

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Why bees can fly can be a very confusing.

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蜂が飛ぶことができる理由は、非常に混乱することができます。

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Why can a bee flies can be very confusing.

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なぜ蜂が飛ぶことができます非常に紛らわしい。